Amikor a reneszánsz költő szembefordult Mátyás királlyal, megpecsételődött a sorsa. Újratemetésére 2008-ig kellett várni.
Bár sokáig Hunyadi Mátyás kegyeltjei közül való volt az itáliai műveltséggel rendelkező, kozmopolita művész, később királya felé fordult, mikor az békét kötött a török szultánnal.
Janus Pannonius nagybátyjával, Vitéz Jánossal együtt 1471-ben összeesküvést készített elő a király ellen, ám Mátyást sem ejtették a fejére, hamar leleplezte a készülő zendülést, és a főkolomposokat az esztergomi várba záratta. Később ugyan egyeztetett a pápai követtel és szabadon engedett mindenkit, Janus azonban nem adta meg magát, hanem vagyonával együtt Velence felé kívánt menekülni. Útközben azonban meghűlt, és 1472. március 27-én, Medvevárnál meghalt.
Maradványaira 1991-ben bukkantak a pécsi székesegyház altemplomában, de csak 2008. október 21-én temették újra püspöki szentmise keretei között. Az újratemetésekor félezer mandulafát ültettek el, amelyek téli rügyezése szimbolizálja Janus Pannonius korai jelenségnek számító költészetét Magyarországon.
